Cuando el nivel de salud del protagonista llega a cero, este reaparece en el hospital más cercano, pero pierde parte de su dinero total en concepto de gastos médicos. Para evitar ser detectado, el jugador puede realizar técnicas que hacen uso de las capacidades tanto de Solid Snake, como del medio ambiente, tales como gatear debajo de objetos, usar cajas como escondite, agacharse o esconderse alrededor de las paredes, y hacer algún ruido para distraer a los enemigos.
